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人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)的雙標(biāo)圖模型及其應(yīng)用

時(shí)間:2023-04-30 17:36:56 生物醫(yī)學(xué)論文 我要投稿
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人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)的雙標(biāo)圖模型及其應(yīng)用

提出了分析人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)的PPG雙標(biāo)圖模型的基本原理及其應(yīng)用.PPG雙標(biāo)圖根據(jù)人類(lèi)群體遺傳學(xué)的基本原理,利用矩陣奇異值分解技術(shù),將多維基因頻率矩陣近似為一個(gè)能夠用雙標(biāo)圖表示的二維矩陣,從而實(shí)現(xiàn)了人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)的圖形化和可視化直觀分析.它與聚類(lèi)分析、主成分分析、對(duì)應(yīng)分析等傳統(tǒng)多元統(tǒng)計(jì)分析方法相比,具有明顯的優(yōu)越性.PPG雙標(biāo)圖通過(guò)其幾何性質(zhì),反映了其豐富的群體遺傳學(xué)含義;更重要的是,在基因頻率矩陣前2項(xiàng)奇異值的累計(jì)貢獻(xiàn)率足夠大的前提下,利用雙標(biāo)圖,以輔助線為補(bǔ)充,可以實(shí)現(xiàn)人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)的可視化直觀定量分析:①比較各群體之間的遺傳距離,劃分群體類(lèi)型;②比較各基因的變異性大小;③分析各基因之間的相關(guān)性;④比較某基因?qū)Ω鱽喨后w遺傳結(jié)構(gòu)的相對(duì)貢獻(xiàn);⑤比較任意2個(gè)亞群體遺傳結(jié)構(gòu)的差異;⑥分析任意2個(gè)基因的差異及其對(duì)各亞群體變異性的貢獻(xiàn);⑦分析群體與基因的交互作用及其對(duì)群體亞分的貢獻(xiàn).因此,PPG雙標(biāo)圖值得在人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)分析中推廣應(yīng)用,但PPG雙標(biāo)圖也存在一定的局限性.

作 者: 薛付忠 王潔貞 郭亦壽 胡平 XUE Fu-zhong WANG Jie-zhen GUO Yi-shou HU Ping   作者單位: 薛付忠,王潔貞,胡平,XUE Fu-zhong,WANG Jie-zhen,HU Ping(山東大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院流行病學(xué)與醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)研究所,濟(jì)南,250012)

郭亦壽,GUO Yi-shou(山東大學(xué)醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究所,濟(jì)南,250012) 

刊 名: 科技導(dǎo)報(bào)  ISTIC PKU 英文刊名: SCIENCE & TECHNOLOGY REVIEW  年,卷(期): 2006 24(5)  分類(lèi)號(hào): Q347 R394.5  關(guān)鍵詞: 人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)   PPG雙標(biāo)圖模型   HLA-A基因座   漢族群體  
《人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)的雙標(biāo)圖模型及其應(yīng)用.doc》
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人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)的雙標(biāo)圖模型及其應(yīng)用

提出了分析人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)的PPG雙標(biāo)圖模型的基本原理及其應(yīng)用.PPG雙標(biāo)圖根據(jù)人類(lèi)群體遺傳學(xué)的基本原理,利用矩陣奇異值分解技術(shù),將多維基因頻率矩陣近似為一個(gè)能夠用雙標(biāo)圖表示的二維矩陣,從而實(shí)現(xiàn)了人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)的圖形化和可視化直觀分析.它與聚類(lèi)分析、主成分分析、對(duì)應(yīng)分析等傳統(tǒng)多元統(tǒng)計(jì)分析方法相比,具有明顯的優(yōu)越性.PPG雙標(biāo)圖通過(guò)其幾何性質(zhì),反映了其豐富的群體遺傳學(xué)含義;更重要的是,在基因頻率矩陣前2項(xiàng)奇異值的累計(jì)貢獻(xiàn)率足夠大的前提下,利用雙標(biāo)圖,以輔助線為補(bǔ)充,可以實(shí)現(xiàn)人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)的可視化直觀定量分析:①比較各群體之間的遺傳距離,劃分群體類(lèi)型;②比較各基因的變異性大小;③分析各基因之間的相關(guān)性;④比較某基因?qū)Ω鱽喨后w遺傳結(jié)構(gòu)的相對(duì)貢獻(xiàn);⑤比較任意2個(gè)亞群體遺傳結(jié)構(gòu)的差異;⑥分析任意2個(gè)基因的差異及其對(duì)各亞群體變異性的貢獻(xiàn);⑦分析群體與基因的交互作用及其對(duì)群體亞分的貢獻(xiàn).因此,PPG雙標(biāo)圖值得在人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)分析中推廣應(yīng)用,但PPG雙標(biāo)圖也存在一定的局限性.

作 者: 薛付忠 王潔貞 郭亦壽 胡平 XUE Fu-zhong WANG Jie-zhen GUO Yi-shou HU Ping   作者單位: 薛付忠,王潔貞,胡平,XUE Fu-zhong,WANG Jie-zhen,HU Ping(山東大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院流行病學(xué)與醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)研究所,濟(jì)南,250012)

郭亦壽,GUO Yi-shou(山東大學(xué)醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究所,濟(jì)南,250012) 

刊 名: 科技導(dǎo)報(bào)  ISTIC PKU 英文刊名: SCIENCE & TECHNOLOGY REVIEW  年,卷(期): 2006 24(5)  分類(lèi)號(hào): Q347 R394.5  關(guān)鍵詞: 人類(lèi)群體遺傳結(jié)構(gòu)   PPG雙標(biāo)圖模型   HLA-A基因座   漢族群體