氨基酸廣義疏水標(biāo)度(GH-scale)用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量預(yù)測(cè)

將天然氨基酸149個(gè)疏水性質(zhì)經(jīng)主成分分析得到了一種新氨基酸描述子--氨基酸廣義疏水標(biāo)度(GH-scale).用GH-scale結(jié)合遺傳偏最小二乘(GPLS)算法對(duì)152個(gè)HLA-A*0201限制性CTL表位進(jìn)行定量構(gòu)效關(guān)系(QSAR)研究.所建模型擬合及交叉檢驗(yàn)復(fù)相關(guān)系數(shù)分別為R2cum=0.813和Q2=0.725.研究表明,疏水作用在CTL表位與HLA-A*0201結(jié)合過(guò)程中扮演極其重要角色,而錨定殘基是該類作用發(fā)生最顯著的部位.

作 者： 周鵬 李志良 田菲菲 張夢(mèng)軍   作者單位： 周鵬,李志良(重慶大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院,重慶,400044;化學(xué)生物傳感與計(jì)量學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,長(zhǎng)沙,410082)

田菲菲(重慶大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院,重慶,400044)

張夢(mèng)軍(第三軍醫(yī)大學(xué)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)系,重慶,400040) 

刊 名： 科學(xué)通報(bào)  ISTIC PKU 英文刊名： CHINESE SCIENCE BULLETIN  年，卷(期)： 2006 51(11)  分類號(hào)： Q5  關(guān)鍵詞： 廣義疏水標(biāo)度   HLA-A*0201   CTL表位   定量構(gòu)效關(guān)系   遺傳偏最小二乘  

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