基于HMLP參數(shù)的二肽logP值支持向量機(jī)預(yù)測(cè)模型

肽的親(疏)水性在生物活性肽的合理設(shè)計(jì)和藥物發(fā)現(xiàn)中是非常重要的參數(shù).基于表征氨基酸性質(zhì)的HMLP參數(shù),分別用直接替代法和加和替代法表征肽段的結(jié)構(gòu)信息,采用留一法交叉檢驗(yàn),利用支持向量回歸(SVR)構(gòu)建了36個(gè)二肽辛醇-水分配系數(shù)(logP)的預(yù)測(cè)模型(ε=0.001,σ=7.5,C=200和ε=0.001,σ=10,C=200),結(jié)果表明加和替代法要好于直接替代法,且其留一法交叉檢驗(yàn)的復(fù)相關(guān)系為0.8768,其預(yù)測(cè)結(jié)果與實(shí)驗(yàn)值一致.但二者都說明了logP主要與肽的分子表面積和親水指標(biāo)有關(guān),同時(shí)說明HMLP參數(shù)能夠較好地表征氨基酸或肽鏈的結(jié)構(gòu)信息.

作 者： 印家健 李夢(mèng)龍 Yin Jiajian Li Menglong   作者單位： 印家健,Yin Jiajian(四川大學(xué)化學(xué)學(xué)院,四川,成都,610064;四川農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)與理學(xué)院,四川,雅安,625014)

李夢(mèng)龍,Li Menglong(四川大學(xué)化學(xué)學(xué)院,四川,成都,610064) 

刊 名： 計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué)  ISTIC PKU 英文刊名： COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY  年，卷(期)： 2008 25(3)  分類號(hào)： O64 R14  關(guān)鍵詞： HMLP參數(shù)   肽   logP值   定量結(jié)構(gòu)活性關(guān)系   支持向量機(jī)  

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